Tutti i carboidrati, dopo essere stati introdotti nell'organismo, devono essere ridotti con la digestione nella forma più semplice (monosaccaridi) prima di essere assorbiti dall'intestino. La digestione dei carboidrati incomincia dalla bocca ove gli enzimi della saliva danno luogo alla scissione dei carboidrati complessi. Nello stomaco l'azione degli enzimi salivari viene interrotta dall'ambiente acido e riprende poi nell'intestino tenue, ove, grazie ai succhi pancreatici (enzima α-amilasi), i polisaccaridi vengono ridotti a monosaccaridi. L'azione dell'alfa-amilasi si interrompe nello stomaco poiché l'ambiente acido inattiva l'azione dell'enzima stesso.
È importante sottolineare che il glucosio viene assorbito con un meccanismo di trasporto attivo, mentre il fruttosio utilizza l'assorbimento passivo: ciò determina un più lento assorbimento del fruttosio e concorre ad abbassare l' indice glicemico.

Attraverso la vena aorta, i carboidrati arrivano al fegato, da dove vengono distribuiti ai tessuti del corpo come sorgente energetica. In questo modo i carboidrati sono utilizzati rapidamente dall’organismo, nei confronti del quale svolgono soprattutto una funzione energetica.

Una piccola quantità di carboidrati viene prudentemente immagazzinata nel fegato sotto forma di glicogeno: tale riserva serve anche a mantenere il livello di glicemia costante.